Ranh giời ban đầu của Lãnh thổ Nebraska (như được phân định bởi Đạo luật Tổ chức) bao gồm phần lớn Cấu địa Louisiana; các ranh giới lãnh thổ là:

• Phía nam – vĩ độ 40° Bắc (hiện tại là ranh giới Kansas–Nebraska);
• Phía tây – Đường phân thủy Lục địa Bắc Mỹ giữa Thái Bình Dương và Đại Tây Dương/Bắc Băng Dương;
• Phía bắc – vĩ độ 49° Bắc (biên giới Hoa Kỳ–Bắc Mỹ thuộc Anh);
• Phía đông – sông White Earth và Missouri.

Thành lập thêm các lãnh thổ

Ngay khi thành lập, lãnh thổ bao trùm phần lớn miền bắc vùng Đại Bình nguyên, nhiều phần của lưu vực thượng nguồn sông Missouri và các phần phía đông của miền bắc Rặng Thạch Sơn. Lãnh thổ Nebraska dần dần bị thu nhỏ lại khi các lãnh thổ mới được thành lập từ nó trong thập niên 1860.

Lãnh thổ Colorado được thành lập ngày 28 tháng 2 năm 1861 từ các phần đất của lãnh thổ nằm ở phía nam vĩ tuyến 41° Bắc và phía tây kinh độ 102°03′ Tây. Khu vực này gồm có thành phố ngày nay là Fort Collins, Greeley và các phần đất của Boulder nằm ở phía bắc Lộ Baseline. Ngoài ra còn có các phần đất của Lãnh thổ Kansas, Lãnh thổ New Mexico, và Lãnh thổ Utah.

Ngày 2 tháng 3 năm 1861, Lãnh thổ Dakota được thành lập. Nó được thành lập từ tất cả phần đất của Lãnh thổ Nebraska nằm ở phía bắc vĩ tuyến 43° Bắc (ngày này là ranh giới Nebraska–Nam Dakota) cùng với phần đất của tiểu bang Nebraska hiện tại nằm giữa vĩ tuyến 43° Bắc và hai con sông Keya Paha và Niobrara (vùng đất này sau đó được trả lại cho Nebraska vào năm 1882). Đạo luật thành lập Lãnh thổ Dakota cũng có kèm theo các điều khoản trao cho Nebraska các phần đất nhỏ của Lãnh thổ Utah và Lãnh thổ Washington —ngày nay là tây nam Wyoming có ranh giới là vĩ tuyến 41° Bắc, kinh độ 110°03′ Tây, vĩ độ 43° Bắc và Đường Phân thủy Lục địa Bắc Mỹ. Các phần đất này không phải là một phần đất của Cấu địa Louisiana mà đúng hơn từng là đất của Xứ Oregon và trở thành một phần đất của Hoa Kỳ vào năm 1846.

Ngày 3 tháng 3 năm 1863, Lãnh thổ Idaho được thành lập từ tất cả đất đai của lãnh thổ nằm ở phía tây kinh độ 104°03′ Tây.